崔麗：中國科學(xué)院城市環(huán)境研究所，研究員，博導(dǎo)，國家優(yōu)青。廈門大學(xué)學(xué)士和博士，英國牛津大學(xué)、蘭卡斯特大學(xué)和瑞士伯爾尼大學(xué)訪問學(xué)者。長期從事環(huán)境微生物單細胞新技術(shù)研發(fā)，及其在環(huán)境功能微生物的應(yīng)用研究。已在Nat food、Sci Adv、PNAS，Angew，JACS，PNAS nexus，EST，Anal Chem等發(fā)表論文80余篇，應(yīng)邀在Anal Chem和Trends in Anal Chem發(fā)表拉曼研究微生物的方法綜述。擔(dān)任美國微生物學(xué)會旗下雜志mSystems編輯，Chinese Chem lett、環(huán)境化學(xué)等編委。主持NSFC國家優(yōu)青基金、微塑料專項項目、重大研究計劃，以及中科院從0到1原始創(chuàng)新項目等10余項，參與NSFC創(chuàng)新群體研究項目。

環(huán)境微生物單細胞分析。針對環(huán)境微生物污染監(jiān)測防控（病原菌、抗生素耐藥性）和生物資源調(diào)控利用（新污染物如微塑料降解菌、植物促生抗逆菌），研發(fā)微生物單細胞拉曼和熒光光譜技術(shù)，創(chuàng)新穩(wěn)定同位素和熒光標(biāo)記策略及人工智能算法，構(gòu)建功能微生物識別-分選-測序-培養(yǎng)單細胞綜合平臺；研究病原菌和耐藥菌的環(huán)境分布、傳播和阻控；探索環(huán)境有益微生物的篩選、培養(yǎng)及合成菌群構(gòu)建，為生物污染監(jiān)測與功能利用提供新技術(shù)與系統(tǒng)解決方案。

1.Zhu, L.; Yang, Y.; Xu, F.; Lu, X.; Shuai, M.; An, Z.; Chen, X.; Li, H.; Martin, F. L.; Vikesland, P. J.; Ren, B.; Tian, Z. Q.; Zhu, Y. G.; Cui, L., Open-set deep learning-enabled single-cell Raman spectroscopy for rapid identification of airborne pathogens in real-world environments. Sci Adv 2025, 11, (2), eadp7991.

2.Li, H. Z.; Peng, J.-J.; Yang, K.; Chen, Q.-L.; Zhu, Y.-G.; Cui, L., Single-cell exploration of active phosphate solubilizing bacteria across diverse soil matrices for sustainable phosphorus management. Nat. Food 2024, 5, 673-683.

3.Yang, K.; Xu, F.; Zhu, L.; Li, H.; Sun, Q.; Yan, A.; Ren, B.; Zhu, Y. G.; Cui, L., An Isotope-Labeled Single-Cell Raman Spectroscopy Approach for Tracking the Physiological Evolution Trajectory of Bacteria toward Antibiotic Resistance. Angew. Chem. Int. Ed. 2023, 62, (14), e202217412.

4.Li, H. Z.; Yang, K.; Liao, H.; Lassen, S. B.; Su, J. Q.; Zhang, X.; Cui, L*.; Zhu, Y. G*., Active antibiotic resistome in soils unraveled by single-cell isotope probing and targeted metagenomics. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2022, 119, (40), e2201473119.

5.Cui, L.; Xin, Y.; Yang, K.; Li, H.; Tan, F.; Zhang, Y.; Li, X.; Zhu, Z.; Yang, J.; Kao, S.-J.; Ren, B.; Zhu, Y.-G.; Musat, F.; Musat, N., Live tracking metabolic networks and physiological responses within microbial assemblages at single-cell level. PNAS nexus 2023, 2, (3), pgad006.

6.Zhu, L.; Li, R.; Yang, K.; Xu, F.; Lin, C.; Chen, Q.; Zhu, D.; Sun, Q.; Zhu, Y.G.; Cui, L.*, Quantifying health risks of plastisphere antibiotic resistome and deciphering driving mechanisms in an urbanizing watershed. Water Res. 2023, 245, 120574.

7.Qin, Y.; Shi, Z.; Zhu, L.; Li, H.; Lu, W.; Ye, G.; Huang, Q.; Cui, L., Impact of Airborne Pathogen-Derived Extracellular Vesicles on Macrophages Revealed by Raman Spectroscopy and Multiomics. Environ. Sci. Technol. 2023, 57, (42), 15858-15868.

8.Li, R.; Zhu, L.; Yang, K.; Li, H.; Zhu, Y.G. Cui, L.*, Impact of Urbanization on Antibiotic Resistome in Different Microplastics: Evidence from a Large-Scale Whole River Analysis. Environ. Sci. Technol. 2021, 55, 8760-8770.

9.Xu, L.; Yue, X. L.; Li, H. Z.; Jian, S. L.; Shu, W. S.; Cui, L.; Xu, X. W., Aerobic Anoxygenic Phototrophic Bacteria in the Marine Environments Revealed by Raman/Fluorescence-Guided Single-Cell Sorting and Targeted Metagenomics. Environ. Sci. Technol. 2024, 58, (16), 7087-7098.

10.Li, H. Z.; Li, W. J.; Wang, Z. J.; Chen, Q. L.; Jensen, M. K. S.; Qiao, M.; Cui, L., Integrating Multiple Bacterial Phenotypes and Bayesian Network for Analyzing Health Risks of Pathogens in Plastisphere. Anal. Chem. 2024, 96, (28), 11374-11382.

11.Yang, K.; Chen, Q.-L.; Chen, M.-L.; Li, H.-Z.; Liao, H.; Pu, Q.; Zhu, Y.-G.; Cui, L., Temporal Dynamics of Antibiotic Resistome in the Plastisphere during Microbial Colonization. Environ. Sci. Technol. 2020, 54, 11322-11332

12.Lin, W.; Li, R.; Cao, S.; Li, H.; Yang, K.; Yang, Z.; Su, J.; Zhu, Y.-G.; Cui, L., High-Throughput Single-Cell Metabolic Labeling, Sorting, and Sequencing of Active Antibiotic-Resistant Bacteria in the Environment. Environ. Sci. Technol. 2024, 58, (40), 17838-17849.

13.Lin, W. F.; Zhao, K. Q.; Wu, Q. H.; Xu, F.; Cui, L.; Lin, H. R.; Ye, C. S.; Yu, X., Biofilms on pipelines shape the microbiome and antibiotic resistome in drinking water. Water Res. 2025, 274.

14.Qin, Y. F.; Guo, Z. H.; Huang, H. N.; Zhu, L. T.; Dong, S. J.; Zhu, Y. G.; Cui, L*.; Huang, Q. S*., Widespread of Potential Pathogen-Derived Extracellular Vesicles Carrying Antibiotic Resistance Genes in Indoor Dust. Environ. Sci. Technol. 2022, 56, (9), 5653-5663.

15.Li, H. Z.; Zhu, D.; Lindhardt, J. H.; Lin, S. M.; Ke, X.; Cui, L., Long-Term Fertilization History Alters Effects of Microplastics on Soil Properties, Microbial Communities, and Functions in Diverse Farmland Ecosystem. Environ. Sci. Technol. 2021, 55, (8), 4658-4668.

1. 國家自然科學(xué)基金-微塑料專項（2224100012），基于合成菌群的環(huán)境微生物強化靶向消減與控制原理，2023.1-2026.12，270萬，主持

2. 中國科學(xué)院基礎(chǔ)前沿科學(xué)研究計劃從0到1原始創(chuàng)新項目（ZDBS-LYDQC027），基于單細胞的抗生素耐藥性研究，2019.9-2023.12，300萬，主持

3. 國家自然科學(xué)基金-優(yōu)秀青年科學(xué)基金（21922608），基于拉曼光譜的環(huán)境生物分析，2020.1-2022.12，130萬，在研，主持

4. 福建省自然科學(xué)基金-攻青項目：基于高通量單細胞光譜的環(huán)境抗生素耐藥菌 快速監(jiān)測及轉(zhuǎn)移風(fēng)險研究，2024-11-01至2027-11-01，80萬，主持

5. 國家重點研發(fā)計劃基礎(chǔ)科研條件與重大科學(xué)儀器設(shè)備研發(fā)重點專項-高通量拉曼流式細胞分選儀（2022YFF0713101）,2023.05-2027.04，120萬，子課題負(fù)責(zé)人

6. 國家自然科學(xué)基金面上項目（217060137），基于單細胞拉曼研究抗生素耐藥性從環(huán)境菌向人類病原菌的傳播機制和風(fēng)險，2022.1-2025.12，60萬，主持

7. 國家自然科學(xué)基金重大研究計劃-培育項目（91851101），基于單細胞拉曼-15N2穩(wěn)定同位素標(biāo)記解析水圈固氮微生物及其固氮活性，2019.1-2021.12, 80萬，在研，主持

8. 國家自然科學(xué)基金面上項目（21777154），基于單細胞拉曼-重水標(biāo)記的環(huán)境抗生素抗性菌識別和抗性產(chǎn)生過程研究，2018.1-2021.12，65萬，主持

9. 國家自然科學(xué)基金面上項目（21173208）,表面增強拉曼光譜原位研究濾膜表面生物膜的形成機制及影響因素, 2012.1—2015.12，60萬，主持

10. 國家重點研發(fā)計劃項目子課題（2017YFD0200201），肥料磷在我國南方土壤中的轉(zhuǎn)化過程及機制，2017.7-2020.12，90萬，子課題負(fù)責(zé)人

11. 中科院青年創(chuàng)新促進會會員基金, 2014. 1-2017. 12, 50萬，主持